A côté de grandes expositions d’art moderne (« Les Clefs d’une passion », « Icônes de l’art moderne, la Collection Chtchoukine », « La Collection Courtauld : le parti de l'impressionnisme », « Icônes de l'art moderne, la Collection Morozov »), elle propose des expositions consacrées à des grandes figures de l'art (« Le monde nouveau de Charlotte Perriand », « Simon Hantaï. L'Exposition du Centenaire ») et offre un regard sur la scène d’aujourd’hui en France et dans le monde (« Des artistes chinois à la Fondation Louis Vuitton », « Art/Afrique, le nouvel atelier », « Au Diapason du monde », « Crossing Views »…).
Par ailleurs, le programme Open Space, initié en 2018, invite des jeunes artistes nationaux et internationaux à imaginer un projet spécifique pour la Fondation, en dialogue avec le bâtiment de Frank Gehry.
Dans l’Auditorium, les musiciens et les artistes de toutes disciplines proposent un répertoire classique et contemporain.
